La carpeta donde se guardan los datos de respaldo cambia dependiendo del sistema operativo del ordenador. Como iTunes sólo guarda una copia de respaldo por dispositivo, deberías asegurarte de que la carpeta de copias de respaldo está incluida en tu rutina habitual de copias de seguridad.

iTunes coloca los archivos de respaldo en las siguientes ubicaciones:

En un Mac: ~/Librería/Application Support/MobileSync/Backup/

En Windows XP: \Documents and Settings\(username)\Application Data\Apple Computer\MobileSync\Backup\

En Windows Vista: \Users\(username)\AppData\Roaming\Apple Computer\MobileSync\Backup\

Información completa (en inglés) sobre lo que se guarda dependiendo del dispositivo aquí